Rhodococcus équi

Patriarche Messages : 7489 Réputation : 4 Date d'inscription : 05/03/2010

RHODOCOCCUS EQUI

Systématique

Le genre Rhodococcus est placé dans la famille des Nocardiaceae (sous-ordre des Corynebacterineae, ordre des Actinomycetales, sous-classe des Actinobacteridae, classe des Actinobacteria, division ou phylum des "Actinobacteria", domaine ou empire des "Bacteria").

Le genre Rhodococcus compte de nombreuses espèces (voir Rhodococcus in List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature), mais seul Rhodococcus equi est important en médecine vétérinaire.

Rhodococcus equi peut également être appelé Corynebacterium equi. Toutefois, cette bactérie présente tous les caractères bactériologiques du genre Rhodococcus et la très grande majorité des auteurs utilise la nomenclature de Rhodococcus equi.

Caractères bactériologiques

Les Rhodococcus spp. sont des bactéries à
Gram positif ou à Gram variable, partiellement acido-résistantes
(présence d'acides mycoliques dans la paroi), aérobies, catalase
positive, à métabolisme oxydatif. Au cours de la croissance, ces
bactéries présentent un véritable cycle morphologique : des formes
coccobacillaires donnent naissance à de courts bacilles puis à des
filaments plus ou moins ramifiés qui par fragmentation redonnent des
coccobacilles ou de petits bacilles. Chez certaines espèces, il se forme
même des hyphes aériens visibles au microscope.

Outre les caractères du genre Rhodococcus, Rhodococcus equi
est un bacille ou un court bacille, capsulé (le matériel capsulaire est
synthétisé en grande quantité à tel point qu’il peut tomber dans le
couvercle d’une boîte de Pétri lors de l’incubation), ne présentant de
courtes ramifications que lors des premiers stades de la croissance. Rhodococcus equi présente un test de CAMP positif vis-à-vis d’une souche de Staphylococcus aureus
bêta hémolytique (la positivité de ce test repose sur la synthèse
d’enzymes désignées sous le terme de "equi facteur" et qui correspondent
à une phospholipase C et à une cholestérol oxydase).

La température optimale de croissance est de 30 °C
mais la culture est pratiquement aussi abondante sur les milieux
incubés à 37 °C. Après 24 heures de culture en aérobiose sur milieux
ordinaires ou sur gélose au sang de mouton, les colonies sont rondes,
muqueuses ou très muqueuses, filantes, non hémolytiques et elles se
pigmentent en orange ou en rose saumon après 48-96 heures d'incubation.
Sur gélose contenant 5 p. cent d'érythrocytes de lapin, les colonies
s'entourent d'une zone d'hémolyse bêta.

Habitat et pouvoir pathogène

Rhodococcus equi est présent dans le sol et
dans les fèces de nombreuses espèces animales (bovins, chats, chèvres,
chevaux, chiens, daims, lapins, moutons, opossums, pigeons, poules,
porcs...). Le portage est particulièrement important dans l'intestin des
chevaux notamment dans l’intestin des poulains chez lesquels le
développement insuffisant de la flore anaérobie favorise la
multiplication. Le germe survit dans le sol et il peut se multiplier
dans les excréments. Cette contamination du milieu extérieur semble
proportionnelle à la densité des équidés et elle est très importante
dans les élevages entretenant des chevaux depuis de nombreuses années.

Rhodococcus equi est pathogène pour de nombreuses espèces animales et pour l'homme.

Pouvoir pathogène chez le cheval

Les infections du cheval concernent principalement
le poulain avec un taux de mortalité de 10 à 15 p. cent et pouvant même
atteindre 80 p. cent. Les poulains âgés de 30 à 60 jours sont les plus
sensibles, mais l'infection est décrite chez des animaux âgés de 8 à 169
jours. Au-delà de 6 mois, les infections cliniquement exprimées sont
rares sauf chez la jument en fin de gestation.

La contamination semble s'effectuer principalement
par voie orale ou par voie respiratoire. Une autre voie de
contamination pourrait être due à des larves d'helminthes, tel que Strongyloides westerii.

Les formes cliniques sont variées : pneumonies
aiguës, caractérisées par une grande détresse respiratoire et mortelles
en quelques jours ; pneumonies chroniques suppuratives de traitement
difficile et souvent mortelles en quelques semaines ; abcès de
l'intestin accompagnés d'une ulcération des nœuds lymphatiques ;
entérites avec diarrhées, souvent mortelles ; avortements entre 8 et 11
mois de gestation (à l'autopsie, les fœtus présentent des micro-abcès
dans le parenchyme pulmonaire).

D’autres formes sont cependant possibles et
notamment des uvéites, des abcès sous-cutanés, des arthrites et des
ostéomyélites succédant soit à un traumatisme soit à une dissémination
du germe par voie hématogène. Ces formes sont parfois justiciables d’un
traitement chirurgical.

Pouvoir pathogène chez les autres espèces animales

Des infections à Rhodococcus equi ont été décrites chez de nombreuses espèces animales :

. Chez les bovins et les porcins, Rhodococcus equi
est principalement isolé de nœuds lymphatiques normaux ou de nœuds
lymphatiques présentant des lésions évoquant la tuberculose. A
l'abattoir, l'existence de ces adénites conduit à des confusions avec la
tuberculose. Chez les bovins, Rhodococcus equi est
également responsable de pyomètres et de pneumonies. Chez les porcelets,
le germe peut être à l'origine de la formation d'abcès de la cavité
orale à l'origine d'une anorexie.

. Chez la chèvre, on note la formation d'abcès pulmonaires, spléniques ou hépatiques pouvant évoquer des infections à Corynebacterium pseudotuberculosis. La formation d'abcès peut s'accompagner du développement d'ostéomyélites vertébrales.

. Chez les ovins, quelques cas de pneumonies ainsi que des avortements et des mortalités néonatales ont été décrits.

. Chez le chat, Rhodococcus equi
provoque des adénites des nœuds lymphatiques du médiastin antérieur et
des nœuds lymphatiques mésentériques, des abcès sous-cutanés et des
infections de plaies.

Pouvoir pathogène chez l'homme

Le premier cas humain d'infection à Rhodococcus equi
a été décrit en 1967 chez un patient traité aux corticoïdes. Le plus
souvent, cette bactérie est isolée chez des patients immunodéprimés
(infections par le virus HIV, traitements immunosuppresseurs...) chez
qui elle est principalement responsable de pneumonies nécrosantes
accompagnées de la formation de cavités, de pleurésie, de bactériémies
avec dissémination au cerveau, au foie, à la rate, à la peau ...
L'infection des sujets sains est exceptionnelle et le taux de mortalité,
de l'ordre de 11 p. cent, est bien inférieur au taux de mortalité
observé chez les immunodéprimés (50 à 55 p. cent chez les patients
infectés par le virus HIV, 20 à 25 p. cent chez les autres individus
immunodéprimés).

Facteurs de pathogénicité

Rhodococcus equi est une bactérie
intracellulaire facultative, inhibant la fusion phagosome-lysosome et
capable de survivre et de se multiplier dans les cellules phagocytaires.
Les facteurs de virulence ne sont pas parfaitement connus mais ils
semblent être liés à la capsule, à la synthèse de l' "equi factor", aux
acides mycoliques et aux protéines Vap (Cf. infra).

. La capsule pourrait être responsable d'une inhibition de la phagocytose.
Les propriétés antigéniques de la capsule permettent de reconnaître au
moins 27 sérovars (1 à 27) et le sérovar 1 est le plus fréquent.
Différentes études montrent que la virulence des souches n'est pas liée à
un sérovar particulier. Ainsi, au sein d'un même sérovar, il existe des
souches très virulentes et des souches à la virulence atténuée.

. La phospholipase C et la cholestérol oxydase qui constituent de l' "equi
factor", provoquent une altération de la membrane des globules rouges.
L' "equi factor" pourrait altérer les membranes cellulaires et les
membranes des lysosomes et contribuer à une dégénérescence des
macrophages.

. La composition des acides mycoliques est impliquée dans la virulence car
les souches qui synthétisent les acides mycoliques les plus longs sont
les plus virulentes pour la souris. De même, l'injection intraveineuse
d'acides mycoliques à longue chaîne conduit aux lésions granulomateuses
les plus importantes.

. Les protéines de surface de 15 à 17 kDa (ou protéines Vap pour virulence-associated protein) sont codées par des gènes vap
portés par des plasmides de 85 à de 90 kb. L'analyse des fragments de
restriction permet de reconnaître au moins 10 plasmides distincts dont
la distribution est liée à l'origine géographique des souches. En
France, les souches virulentes possèdent un plasmide de 85 kb de type I
ou un plasmide de 87 kb de type I ou un plasmide de 85 kb de type II qui
n'a été retrouvé que chez des souches françaises. Ces plasmides ne sont
présents que chez les souches virulentes et les souches curées de leurs
plasmides survivent moins longtemps dans les phagocytes et sont moins
pathogènes pour la souris ou pour le cheval. Les 7 gènes vap identifiés (vapA, vapC, vapD, vapE, vapF, vapG et vapH),
sont situés sur un îlot de pathogénicité et ils codent pour des
protéines de surface, indispensables à la survie dans les macrophages,
exprimées à pH acide et à 37 °C mais non à 30 °C. La séquence du gène vapA apparaît très bien conservée si bien qu'un test PCR amplifiant ce gène permet un diagnostic des souches virulentes.

. La protéine VapB a été identifiée chez des souches isolées du porc et de l'homme. Cette protéine est codée par le gène vapB présent sur des plasmides de 79 à 100 kb et elle est caractéristique des souches moyennement virulente.

Diagnostic bactériologique et sérologique

Un diagnostic nécessite la mise en évidence du
germe dans les exsudats trachéobronchiques (prélevés par ponction
trachéale ou par aspiration naso-trachéale) ou dans un liquide de lavage
broncho-alvéolaire ou dans divers prélèvements (liquide synovial,
avortons, fèces). L’examen bactérioscopique peut permettre de visualiser
des coccobacilles polymorphes à Gram positif mais l’examen doit être
minutieux car le nombre de bactéries est souvent faible.

La culture est généralement obtenue en 24-48
heures sur des milieux d'usage courant incubés en aérobiose. Toutefois,
lorsque les animaux ont reçu un traitement antibiotique, l’obtention des
colonies demande plusieurs jours. Lorsque le prélèvement est très
contaminé (fèces diarrhéiques par exemple), il est possible de recourir à
des milieux sélectifs.

Grâce aux commémoratifs, l'identification peut
souvent être basée sur quelques épreuves faciles à réaliser : aspect des
colonies, coloration de Gram, étude du type respiratoire, CAMP test et
recherche de quelques caractères biochimiques.

L'identification des germes isolés peut également
être confirmée par une technique PCR amplifiant une séquence spécifique
de l'ADNr 16S.

Des techniques de PCR amplifiant un fragment de l'ADNr 16S ou une séquence du gène vapA,
mises en œuvre directement sur les prélèvements, donnent des résultats
plus sensibles que la culture. De plus, lorsque l'amplification concerne
le gène vapA, la PCR permet de caractériser les souches virulentes.

Une technique ELISA utilisant un peptide de la
protéine VapA, s'est avérée sensible, spécifique et apte à détecter les
infections précoces.

Sensibilité aux antibiotiques

Rhodococcus equi est sensible à la
gentamicine, à l’amikacine, à la nétilmicine, à l’érythromycine, à la
clarithromycine, à la roxithromycine, à la ciprofloxacine, à la
prémafloxacine, à la sparfloxacine, aux oxazolidinones (épérézolide,
linozélide), à la rifampicine, à la minocycline, à la doxycycline, aux
glycopeptides, au cotrimoxazole et aux antibiotiques peptidiques
(nisine, ranalexine), notamment lorsqu'ils sont associés à
l'ampicilline, à la ceftriaxone, à la rifampicine, à l'azithromycine, à
la clarithromycine ou à la vancomycine. Une résistance est notée
vis-à-vis des bêta-lactamines à l’exception des carbapénèmes et du
ceftiofur dont l'activité est variable selon les souches. Le
chloramphénicol, le florfénicol et la tilmicosine ont une activité
modérée.

Quelle que soit la sensibilité du germe in vitro, le traitement est difficile car la bactérie est un germe intracellulaire et provoque la formation d'abcès et de granulomes.

Chez le cheval, le traitement associe en général
l'érythromycine et la rifampicine (l’association pénicilline-gentamicine
a donné des résultats très variables selon les auteurs). La rifampicine
ne doit pas être utilisée en monothérapie du fait de l'existence de
mutants résistants. Cette antibiothérapie doit se poursuivre durant au
moins 3 semaines et de préférence durant 4 à 9 semaines.

Des alternatives ont été proposées à l'association
rifampicine-érythromycine qui présente certains inconvénients : coût
élevé, existence de souches résistantes, mauvaise tolérance à
l'érythromycine (qui peut provoquer des diarrhées), apparition
d'infections à Clostridium difficile chez les juments
consommant de faibles quantités d'éythromycine contenues dans les fèces
des poulains traités. L'utilisation de la rifampicine pose également
des problèmes d'éthique car la rifampicine reste un anti-tuberculeux
majeur dont l'utilisation ne devrait pas être galvaudée.
Malheureusement, compte tenu de la valeur économique de certains animaux
et de son efficacité, la rifampicine reste utilisée.

Parmi ces alternatives on peut citer l'association
enrofloxacine-ceftiofur, l'association enrofloxacine-rifampicine
(surtout utile en cas d'intolérance à l'érythromycine), l'association
gentamicine-rifampicine (parfois utilisée en Suède pour prévenir les
colites à Clostridium difficile) ou l'association triméthoprime-sulfamide.

Prophylaxie

La protection vis-à-vis de Rhodococcus equi
semble être sous la dépendance de l'immunité à médiation cellulaire
mais, chez les équidés, les poulains recevant du plasma d'animaux
immunisés sont partiellement protégés contre une infection
expérimentale. L'utilisation d'immunoglobulines anti-VapA et anti-VapC
donne des résultats comparables ce qui suggère que ces immunoglobulines
sont les principaux éléments protecteurs du plasma. L'immunisation
passive, par administration de plasma de sujets présentant des
anticorps, est utilisée pour contrôler l'infection dans des élevages où
la maladie est enzootique.

Des essais de vaccination ont été réalisés en
utilisant une fraction antigénique riche en protéines VapA ou un
surnageant de culture contenant les protéines VapA et l' "equi factor"
ou des souches inactivées. Les résultats obtenus sont variables selon
les vaccins et les protocoles utilisés.

Des mesures de prophylaxie sanitaire, basées sur
une bonne hygiène de l'élevage (notamment désinfection et réduction de
la quantité de poussière) et sur la lutte contre les helminthes ont été
recommandées par quelques auteurs.